Por reflujo se entiende la acción de ir en contra del flujo normal. Si se aplica al aparato digestivo implicaría que los alimentos, tras seguir su camino natural, esto es, boca, faringe, esófago y estómago, vuelven hacia atrás recorriendo el sentido contrario, lo que conlleva complicaciones.
Una vez están en el estómago los alimentos se mezclan con los jugos gástricos, el ácido necesario para digerir las proteínas forma parte de este ácido.
La mucosa del estómago protege al organismo de los efectos del ácido, pero esta capa protectora no está presente en las paredes del esófago, la faringe o la boca, por lo que, cuando el alimento vuelve debido al mal funcionamiento de las fibras musculares que deben impedirlo, la acción prolongada del ácido clorhídrico puede dañar seriamente estos órganos causando quemaduras e irritación. La constante irritación puede llegara a causar cáncer de esófago, por eso es tan importante la detección temprana.